本課程分為四個單元: 第一單元從演化觀點介紹各主要藻類群的來源與演化途徑;將形態與分子特徵作為分門別類之入門，來介紹各主要藻門。各藻類群間之演化關係，特別是由原核藻進化到真核藻，及真核藻類間的相互關係；第二個單元介紹藻類的生理、生化，特別是藻類之光合作用、固氮作用、逆境生理及代謝途徑等；第三單元介紹藻類生態，包括藻類在自然界之角色、優養化現象、季節性;第四單元介紹藻類生物技術，包括藻類養殖、健康食品、生物能源、醫藥及活性物質、藻類分子生物應用，以及水污染指標、藻類毒素、藻類與水資源等。